По некоторым данным, населённый пункт был основан в 1892 как село Селютора, что означает в переводе с айнского «деревня на суше».

Уже через два года — в 1894 году — в селении было уже три дома с общим числом жителей 5 человек — трое мужчин и две женщины, которые по категории жителей считались ссыльнопоселенцами. Основными их занятиями были земледелие, животноводство, рыболовство, охота. Эти сведения взяты из документа «Ведомость о хозяйствах ссыльнопоселенцев Корсаковского округа, состоявших на казенном довольствии», хранящегося в Центральном государственном архиве дальнего Востока (г. Томск).

В 1890—1900 гг. по территории района проходил почтовый тракт из поста Корсаковский в пост Александровский. Айны перевозили почту до Найоро (Гастелло), где обменивали её на почту, пришедшую с севера. Тогда же были основаны селение и почтово-телеграфная станция «Мокун-Катане» (айнское название нынешнего села Пугачёво)

В 1905 году в результате поражения в русско-японской войне 1904—1905 южная часть острова отошла к Японии. В период Карафуто территория получила название Сиритору. Тогда на территории шло активное экономическое развитие: в 1924 году открыли шахту, в 1927 — бумажный завод. Бумажный завод был крупным, а лес на производство поставляли с верховья реки Макаровки, где его тогда полностью вырубали.

От японцев в наследство местным жителям досталась технология сплава древесины. Лес заготавливали и складывали по берегам ручьев. Весной, когда снег таял, через 1-2 километра устраивали деревянно-земляные плотины. Вода в ручьях поднималась до уровня 2-2,5 метра. Лес сбрасывали в воду ниже плотины, а затем открывали ворота и вал воды уносил бревна до следующей плотины. В конечном итоге древесина попадала в реку Макаровку, уровень воды в которой был достаточным для сплава леса.

К 1926 году численность населения в Сиритору достигла 14 тысяч человек. При японцах в городе открылись кафе, магазины, буддийские храмы, парки и даже спа-курорт.

Новый период в истории Макарова начался в 1946 году, когда он получил свое современное название — в честь адмирала Степана Макарова. Тогда, кстати, выбирали между ним и Смирных.

В пятидесятых годах появились бетонные здания, построили четыре школы и школу рабочей молодежи. Японские бараки сносили до 1980 года. В городе работали пищекомбинат, мясо- и хлебокомбинат. Изготавливали различные напитки, в том числе одно из лучших в области Макаровское пиво.

А в девяностые годы шахта и бумажный завод периодически останавливались. В 1999 году окончательно закрыли завод, а в 2000 — шахту, хотя фактически она была ликвидирована в 1997 году. Зато в это время начался расцвет рыбопромышленности и строительство проекта Сахалин-2. Именно тогда уровень жизни снова начал расти.